伊吾县水资源总量2.8617亿立方米，其中：地表水资源量1.5662亿立方米；地下水资源量1.2955亿立方米（不重复量0.6004亿立方米）。水资源可利用总量2.1529亿立方米，其中：地表水可利用量1.2536亿立方米；地下水可利用量0.8993亿立方米。
地表水水源概况：1.伊吾河水源。伊吾河下游淖毛湖镇区域地表水多年平均资源量7025万m3/a，保证率95%为5314万m3/a。伊吾河峡沟水库，库容960万m3。淖毛湖区域地表水用量为2300万m3，其中：农业灌溉用水800万m3，生态用水1200万m3，生活用水300万m3。剩余3014万m3水量可作为淖毛湖工业项目用水。2.四道白杨沟水源。四道白杨沟是伊吾淖毛湖区域主要的河流之一，年平均径流量为718万m3/a。四道白杨沟水库位于莫钦乌拉山北坡，规划水库总库容为428万m3/a，可提供工业用水量338万m3/a。全县可供淖毛湖区域煤电化工业使用的地表水水资源量为3352万m3/a，其中峡沟水库供水3014万m3/a，四道白杨沟水库供水338万m3/a。